原营业税规定，证券公司、期货公司为交易所、登记结算公司代收的各项费用和投资者保护基金允许从营业额中减除。新《试点实施办法》规定：“经纪代理服务，以取得的全部价款和价外费用，扣除向委托方收取并代为支付的政府性基金或者行政事业性收费后的余额为销售额。向委托方收取的政府性基金或者行政事业性收费，不得开具增值税专用发票。”因此，证券公司、期货公司为交易所、登记结算公司代收的各项费用和基金如属于政府性基金或行政事业性收费的，凭省级以上（含省级）财政部门监（印）制的财政票据为合法有效凭证进行差额扣除；如属于增值税征税范围的，凭增值税专用发票抵扣进项税额。