一、违约金
我们这里是这样处理的：
1、与销售数量和价格相关的，做平销、返利处理，并入增值税发票中；与提供劳务相关的，并入营业税发票中；可以进行税前扣除。
2、与销售数量和价格无关的；与提供劳务无关的，即：销售（提供劳务）方向购货（接受劳务）方支付的违约金，开营业税发票缴纳营业税后可以进行税前扣除。
借鉴依据是《关于商业企业向货物供应方收取的部分费用征收流转税问题的通知》国税发（2004）136号
二、发票复印件，
纳税人（购货国税发票，营业税发票）发票联丢失，可凭购销双方购销合同、销货方发票存根的复印件，经销货方开具发票的主管税务机关的确认后可以入账。
这个程序是比较困难的。因此企业学会见到发票后再付款，求得对方的配合。
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