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员工工资薪金所得与企业工资费用支出的差异分析
根据国税函〔 2009 〕 259 号文的要求，税务机关将加强个人工资薪金所得与企业的工资费用支出比对，核查有无隐匿或少报个人收入情况，企业有无虚列人员、增加工资费用支出等情况。如果比对差异较大，税务人员会到企业进行实地核查，或者提交给稽查部门，进行税务稽查。
个人所得税的“工资、薪金”项目所得，指个人因任职或者受雇而取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得。具体应根据《个人所得税法》及其配套法规的规定判断。
企业所得税工资薪金支出，根据《企业所得税法实施条例》、国税函〔 2009 〕 3 号文规定，是指企业支付给在本企业任职或者受雇的员工的所有现金形式或者非现金形式的劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴、年终加薪、加班工资，以及与员工任职或者受雇有关的其他支出，但不包括企业的职工福利费、职工教育经费、工会经费以及社会保险费和住房公积金。
正常情况下，企业按照税法规定申报的个人工资薪金所得，与税前列支的工资薪金会存在一定差异。个人所得税“工资薪金所得”的范围会大于企业所得税“工资薪金支出”的范围。如果两者差异较大，企业很可能遭到税务机关的质疑，需要事先准备如何向税务机关作出合理的解释。下面就一些常见的差异进行分析。
一、 超过免税限额的津贴、补贴等，企业所得税作为当期费用列支
超过免税限额的所得，应计入“工资、薪金所得”计征个人所得税，而会计处理和企业所得税不作为工资薪金支出。比如：
1、 公司为员工报销办公通讯费，超过地方税务机关规定的限额的，要作为工资薪金所得扣缴个人所得税。但企业所得税仍要作为办公费支出，不作为工资薪金。
2、 公司为员工实际缴纳的住房公积金，超过了财税 [2006]10 号文规定的免征个人所得税标准，要作为工资薪金扣缴个人所得税，但企业所得税不作为工资薪金支出。
3、 超过免税标准的差旅费津贴。
二、 应计入工资薪金所得扣缴个人所得税，但企业所得税属于福利费等其他项目
根据国税函〔 2009 〕 3 号文规定，工资薪金不包括企业的职工福利费、职工教育经费、工会经费等，但福利费项目中，部分要作为工资薪金所得扣缴个人所得税，比如：职工交通补贴、非外籍人员用货币发放的住房补贴、职工供养直系亲属医疗补贴、过节费、为员工购买的商业保险等。
三、 12 月计提的工资下年发放
部分企业当年 12 月按照权责发生制计提的工资，在下年年初发放，有的地方税务机关允许作为计提年度的工资薪金支出扣除，但根据《个人所得税法》规定，应在实际发放时，即下一年度扣缴个人所得税，产生时间性差异，很可能导致当年申报的企业工资薪金支出与员工的工资薪金所得差异较大。
四、 带征个人所得税
根据地方的规定，带征个人所得税的，企业所得税实际发放的工资薪金支出，与个人所得税工资、薪金项目不一致。例如根据粤地税发〔 1998 〕 103 号文的规定，地方税务机关可按工程总额带征工程承包人（工程责任人）和其他从业人员应纳的个人所得税。
五、 员工境内两处以上发放工资
根据《个人所得税法》及其实施条例的规定，在中国境内两处或者两处以上取得“工资、薪金所得”的，应由员工合并后自行申报缴纳个人所得税。但企业所得税要作为工资薪金支出。
