中瀚石林认为“营改增”后试点纳税人面临的最大改变主要体现在发票上。《国家税务总局关于在全国开展营业税改征增值税试点有关征收管理问题的公告》(国家税务总局2013年第39号，以下简称税总39号公告）对“营改增”后试点纳税人领购和开具发票作出了统一规定，试点纳税人一定不能在发票使用上犯迷糊。

    第一，公路内河运输统一发票不能再开了。根据规定，自本地区“营改增”试点实施之日起，增值税纳税人不得开具公路、内河货物运输业统一发票。因此，全国试点“营改增”后，开票日期在8月1日以后的公路、内河货物运输发票都属于无效发票。纳税人一旦取得，财务人员应拒绝其用于财务报销核算。

    第二，四类服务可以开具定额普通发票，但不能用于受票方抵扣。提供港口码头服务、货运客运场站服务、装卸搬运服务和旅客运输服务的一般纳税人，可以选择使用定额普通发票。这样规定，主要是考虑到这部分业务会以“小额、零星”的方式出现，如果逐笔开具机打发票，业务开展与运行的效率会明显降低。但是，根据增值税的抵扣原理，一般纳税人付款方接受服务取得这部分定额发票不得用于抵扣税款。如果需要抵扣，可以和这些开票方一般纳税人协商定期结算，集中统一开具增值税专用发票。

    第三，试点前已开票业务冲减红字发票还是要找原主管地税机关。纳税人于本地区试点实施之日前提供改征增值税的营业税应税服务并开具营业税发票后，如发生服务中止、折让、开票有误等情形，且不符合发票作废条件的，应于2014年3月31日前向原主管税务机关申请开具营业税红字发票，不得开具红字专用发票和红字货运专票。需重新开具发票的，应于2014年3月31日前向原主管税务机关申请开具营业税发票，不得开具增值税专用发票或货运专票。

    第四，增值税专用发票最高开票限额由区县税务机关依法审批。

    最高开票限额，指单份专用发票或货运专票开具的销售额合计数不得达到的上限额度，由一般纳税人申请，区县税务机关依法审批。一般纳税人申请最高开票限额时，需填报《增值税专用发票最高开票限额申请单》。主管税务机关受理纳税人申请以后，根据需要进行实地查验，然后再依法审批。

    第五，销售机动车应使用税控系统开具发票。自8月1日起，一般纳税人从事机动车（旧机动车除外）零售业务，应使用机动车销售统一发票税控系统开具发票。通过该系统开具的机动车销售统一发票实际上也属于一种增值税专用发票，可以用于抵扣应征消费税的汽车等的进项税。

    第六，开具货运专票需要使用独立的税控系统。自本地区“营改增”试点实施之日起，一般纳税人提供货物运输服务、开具货运专票的，使用货物运输业增值税专用发票税控系统；提供货物运输服务之外的其他增值税应税服务、开具专用发票和增值税普通发票的，使用增值税防伪税控系统。一般纳税人提供应税货物运输服务，应使用货运专票，并准确填写相关信息。开具货运专票后，如发生应税服务中止、折让、开票有误以及发票抵扣联、发票联均无法认证等情形，且不符合发票作废条件，需要开具红字货运专票的，实际受票方或承运人应向主管税务机关填报《开具红字货物运输业增值税专用发票申请单》，经主管税务机关核对并出具《开具红字货物运输业增值税专用发票通知单》。实际受票方应暂依《通知单》所列增值税税额从当期进项税额中转出，未抵扣增值税进项税额的可列入当期进项税额，待取得承运人开具的红字货运专票后，与留存的《通知单》一并作为记账凭证。